Johannes Enders stammt aus dem oberbayerischen „Notwist“-Städtchen Weilheim. Als festes Mitglied des ebenfalls aus Weilheim stammenden „Tied & Tickled Trios“ und permanenter Gast auf den Studioalben von „Notwist“ ist er auch weit über die deutsche Jazzszene hinaus bekannt.
Nach Beendigung einer klassischen Saxophonausbildung am Richard-Strauß-Konservatorium in München (1984–1988), studiert er für zwei Jahre am Grazer Jazzinstitut in Österreich. Dort erntet er erste Preise.
Ein Stipendium führt ihn daraufhin an die New Yorker New School, wo er den Unterricht von Branford Marsalis, Dave Liebman, Jimmy Cobb und vielen anderen genoss.

Inzwischen zählt Enders laut Fachmagazin Jazzthing zu einem der zehn wichtigsten Nachwuchstenorsaxophonisten weltweit, Dafür spricht die Auszeichnung mit dem Neuen Deutschen Jazzpreis Mannheim, den Enders 2007 erhält. Der 42-jährige hat seit dem Wintersemester 2008 die Professur für Saxophon an der hiesigen Musikhochschule in Leipzig inne. Er spielte Tourneen und Konzerte u.a. mit Lee Konitz, Sam Rivers, Jerry Bergonzi, Dave Liebman, Donald Byrd, Kenny Wheeler, Ack Van Royen, Till Brönner, Richie Beirach, Joey Calderrazzo, Frank Moebus, Wolfgang Muthspiel, Billy Hart, John Hollenbeck, The Notwist, HR Big Band, Rias Big Band und vielen anderen.